U nedjelju, 10. novembra 2013. predsjednik Fondacije Istina Pravda Pomirenje, Sinan Alić, dobio je prijeteću SMS poruku slijedećeg sadržaja:  „Majku ti četničku ti si potpalio rapatničku vatru u njoj češ izgorit“ Prijetnja je u ponedjeljak, 11. novembra, prijavljena Policijskoj stanici Centar Tuzla, u istragu su uključeni organi kriminalističke policije, a istog dan sa njenim sadržajem upoznato je i Tužilaštvo Tuzlanskog kantona. Tim povodom Fondacija je u utorak, 12 novembra, održala press-konferenciju na kojoj se novinarima obratio Sinan Alić:
- Sudeći po sadržaju prijetnje nameće se logičan zaključak da oni koji su prijetili pripadaju okruženju ljudi koji su involvirani u ratni zločin koji se sredinom 1992. godine dogodio u Rapatnici, opština Srebrenik. Za one koji ne znaju, želim naglasiti da je za ovaj zločin, zahvaljujući neprofesionalno provedenoj istrazi od strane  postupajućg tužioca, na 8 godina zatvora osuđen nevin čovjek Zurahid Mujčinović, koji se već nalazi na izdržavanju kazne zatvora. To je bio motiv za aktivno uključenje Fondacije u ovaj slučaj. Relativno brzo otkrili smo ko su pravi počinioci zločina u Rapatnici i na izmaku prošle godine podnijeli smo krivičnu prijavu Tužilaštvu BiH protiv dvije grupa lica direktnih izvršilaca tog zločina, ali i onih za koje postoje osnovi sumnje da su odgovorni po komandnoj odgovornosti. Tužilaštvo je otvorilo istragu i prema našim  saznanjima ona se privodi kraju. Želim naglasiti da me prijetnja nije uplašila, ali nije me ni iznenadila jer su prijetnje ranije upućene ključnom svjedoku u ovom predmetu, koji je po drugi put saslušan u Tužilaštvu BiH u petak, 8.novembra.
Ova prijeteća poruka stigla je kasno, jer je istraga o zločinu u Rapatnici u punom zamahu i upućena je na pogrešnu adresu. Ja jednostavno nisam čovjek koji se plaši. U suprotnom ne bih se bavio djelatnošču koja uključuje i  pritisak onih koji se smatraju ugroženim djelovanjem Fondacije“.